南京大学档案馆成立于1986年，是全国最早成立的高校档案馆之一，为学校直属业务单位（正处级建制）。历经近四十载建设耕耘，已发展为两城四校区八馆合体（含档案馆、校史馆、名人馆等）的综合性档案与史志管理展陈研究性机构，总建筑面积超2.3万平方米，是南京大学档案永久保管基地、档案信息服务利用中心、档案文化建设与展示中心、爱国荣校教育中心、学校史志研究中心。本馆所藏资料丰富，信息化程度较高，曾两获“全国档案系统先进集体”称号，并成为“国家一级科技事业单位档案管理”单位、江苏省档案工作五星级单位等。

南京大学校史博物馆，自1999年5月开始由档案馆负责筹建，在校领导及全校广大师生、海内外校友等多方的大力支持下，终于在南京大学百年校庆之际开馆。 校史博物馆建在南京大学老图书馆（原金陵大学图书馆）内，使用面积1400平方米，展区面积约1000平方米。原中央大学校长顾毓琇为校史博物馆题写了馆名。场馆展出了南京大学历史上不同时期形成的1600多幅照片、700多件史料、实物、模型，成为校史研究、文化交流的重要展示平台，并承担校史文化传播、教育互动等重要职责。获评“江苏省爱国主义教育示范基地”“江苏省科学家精神教育基地”等。

仙林校区校史馆位于南京大学仙林校区中心地带、“五二〇广场”北侧，馆舍由哈佛大学建筑学系原主任雷斯顿·科恩设计，设计风格独特，于庄重沉稳之中不乏现代明快的色彩。展馆总建筑面积5000平方米，分为三层，形成集校史展、成果展、人物专题展等于一身的综合性文化展馆。该馆所在楼宇由南京大学校董沈小平先生捐资支持建造，遂命名为“沈小平楼”。2008年开工建设，2010年正式投入使用，2022年学校120周年校庆期间出新改造，2025年相关展厅引入AI导览机器人等设施。

正在建设中，敬请期待。

拉贝与国际安全区纪念馆由南京大学于2006年10月依托国际友人、德国企业家约翰·拉贝的南京居所及庭院建成。场馆主题以侵华日军南京大屠杀期间拉贝本人及南京安全区对南京市民及中国军人的保护和救助为中心，延展至《拉贝日记》的发现过程、社会反响与历史意义，南京安全区国际委员会的国际友人群像，以及中国同胞在安全区的人道主义贡献、拉贝旧居发现的始末等内容。馆藏的资料、影像及陈列物件来自德国国家档案馆、德国外交部档案馆、拉贝亲属家眷及好友、南京大屠杀遇难同胞纪念馆，北京、天津、上海、浙江、江苏等地相关档案馆、纪念馆，以及诸多学者、热心市民、研究机构长期积累的资料、研究成果、新闻报道等。

场馆展陈设计以图文展墙、实物展陈、实景复原、互动影像、AI机器人讲解等多元方式实现参观者的沉浸式体验。建馆以来已接待海内外国家领导人、嘉宾访客、师生校友与普通市民等逾百万人次，在弘扬伟大抗战精神、实施爱国主义教育、传播和平正义与人道主义理念方面，以及和平学与南京大屠杀史研究等领域发挥了重要作用。

目前纪念馆（及所在建筑）被列为国家级文物保护单位、国家级抗战纪念设施及遗址、国际和平博物馆、中国20世纪建筑遗产、江苏省文博馆、南京对外文化交流基地、世界文学之都网络地标、南京市鼓楼区爱国主义教育基地、江苏省高校国际传播能力建设联盟留学生实践基地、南京大学青年共产主义学校实境课堂等实践或研学场所。

2012年5月19日，为迎接南京大学110周年校庆暨纪念赛珍珠诞辰120周年，南京大学档案馆负责完成南京大学赛珍珠纪念馆的筹建工作，收集了赛珍珠著作百余部及大量的照片、实物等史料，大部分为民国时期的档案，以供展示，将坐落于南京大学鼓楼校区的美国女作家赛珍珠的故居重新修复并开馆，使得这座有着100多年历史的小楼重焕光彩。赛珍珠纪念馆首批入选“世界文学之都·地标网络”。